后来红卫兵叫来卡车，把他们和其他的“阶级敌人”扔上汽车，送海淀区公安局收押。她的丈夫说，在押送过程中她还继续遭到殴打。一个男红卫兵还站在陈慧恩的肚子上践踏。陈慧恩当晚死在海淀区公安局，火化后尸骨无存。

她的丈夫钟永生活了下来。钟永生在1995年12月24日安祥去世，享年九十岁。

陈慧恩生前常去香山灵修院。她的一个儿子说，那里有个修女，是妈妈的朋友和同道，他从小一直叫她“许四姑”，不知道全名。修女“许四姑”比陈慧恩年轻一点，和陈恩慧一样，也在同一时期被打死了。1966年8月下旬，是北京红卫兵最为残暴的时期，每日打死人的数字高达数百。信宗教的人，是被打的主要群体之一。

那年十月，陈慧恩的儿子兄弟二人找到参与抄家的两名红卫兵，问他们为什么打死了他们的母亲。那两个红卫兵说：有人报告，你母亲搞特务活动。联络暗号是“你好，我好，就他不好”。我们就去了。兄弟二人又问他们抄家中有没有抄到“反革命”和进行“特务”活动的证据。他们说，只抄到一些旧照片和圣经。

后来大儿子几乎每年要求他的工作单位领导和党组织搞清楚问题的性质，但是一直没有音信。此事一直拖到文革后的1990年，通过气象局的全国人大代表程纯枢的提案提出，才得到青龙桥街道办事处的答复：对事件的过程他们一无所知，给了五百元人民币作为补偿。这是文革后对被迫害死的家人赔偿的钱的一般数目。

从来没有人为陈慧恩的死受到批评或惩罚，也没有任何单位主动关心处理这个人命关天的大事情，更没有人曾经道歉。后来家人听说，来抄家施暴的主要参与者之一得了肝癌，年纪不大就死亡了。传话者说这是对恶行的“报应”。这样的传言表现了人心的倾向，但是不能说明正义已经得到。

下面是陈慧恩的照片，另一张是全家四人的照片，摄于1956年9月。