林昭名义上是《红楼》的编辑，但当张元勋要退出《红楼》另立“广场诗派”时，林昭反对，认为应该留下来用自己的观点去影响《红楼》，削弱党对《红楼》的领导。
《红楼》选编《整风运动特辑》时，她主张将张元勋的《是时候了》和王国乡的《一个积极分子的自白》两文选入。她还推荐右派词人戴佳珊的作品，因为她特别欣赏“官僚主义今犹在，只是招牌改”这样的句子。
在肃反运动的时候，她深夜坐在未名湖边，大声朗诵屈原赋：“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索”来发泄不平。其实她不是“上下求索”，而是“左右求索”。
整风运动以来，她愤怒一阵，沉默一阵，一会儿高呼：“我是剑，我是火焰。”一会儿又转过来问：“你们党员对我的看法怎么样？”
林昭是北大的第二批“右派”，受到开除团籍、保留学籍、留校劳动察看的处分。林昭吞服了两盒火柴头自杀，被同学发现及时抢救过来，获救后大声说：“我决不低头认罪！”被学校当局认定为对抗组织、态度恶劣，加重处分为“劳动教养”三年，只因体弱多病，经常咳血，才得以免送西北劳改，而留在新闻专业资料室，到学校苗圃劳动，“监督改造”。林昭被划为“右派”后，母亲许宪民也受到打击，工资由三百元减至二百元、一百二十元。
1958年6月，北大新闻专业合并到中国人民大学新闻系，林昭也随之过去接受“监督劳动”，与同在资料室“劳动察看”的人大学生“右派分子”甘粹恋爱；甘粹提出结婚申请，但被校方以谈情说爱是抗拒改造为由而不予批准。1959年9月，甘粹被发配到新疆劳改，林昭心情更受打击，病情恶化，获准由母亲接回上海养病。
“此生宁愿坐穿牢底”
1960年，由于1958年“大跃进”失败引起的大饥荒已经全国蔓延，饿死人越来越多。兰州大学历史系右派学生张春元等在甘肃农村劳改的一批右派学生、教师等串联谋求救国救民之道，通过上海就读兰州大学的研究生顾雁与林昭取得联系并专程到上海面谈，得到她赠送的《南斯拉夫共产党纲领》一书和新作长诗《海鸥之歌》，回甘肃后参照该书写成《当前的形势和我们的任务》，提出“要在中国实现一个和平、民主、自由的社会主义社会”，并将《海鸥之歌》单独油印成宣传资料；随后又创办油印刊物《星火》，首期发表了林昭的长诗《普罗米修士受难的一日》。同年7月，《星火》主要领导人张春元被捕，随后被捕的还有与他一起劳改的学生、教师等三十九人，以及同情和支援他们的数十名当地农民以及前武山县委书记杜映华。10月24日，林昭也因两首诗歌涉案以“现行反革命罪”在苏州被捕，后关押到上海第一看守所。一个月多月后，她父亲彭国彦吞食老鼠药自杀身亡。
1961年，林昭被转到上海静安分局看守所关押，经常向家人索要白被单，用以撕成条条写血书，写下组诗《牢狱之花》、《思想日记》等。1962年3月5日，林昭因肺病复发得以保外就医，被母亲接回苏州家中。7月，她写了《给北大校长陆平的信》，呼吁他效仿蔡元培校长主持公义，营救被迫害的学生，此信交派出所户籍警转交上海市静安区人民法院。9月，她与苏州的“右派分子”黄政起草了“中国自由青年战斗同盟”的纲领和章程，制定了《行动计划》、《初期组织形式》等文件，并联系上海的无国籍侨民阿诺‧纽门，要求他将《我们是无罪的》、《给北大校长陆平的信》等四篇文章带到海外发表。
1962年11月8日，林昭为此再次被捕，关押于上海提篮桥监狱，亲人不许探望。12月，她由狱方安排到上海精神病院检查，被院长粟宗华鉴定为精神不正常。她在狱中因抗议虐待，多次绝食、自杀，1963年6月18日，林昭的《绝食书》中写道：
一息尚存，此生宁愿坐穿牢底，决不稍负初愿，稍改初志。
1963年8月，林昭移拘上海第一看守所。1964年12月2日，林昭接到上海市静安区人民检察院起诉书，5日到法院出庭受审，1965年5年31日再次出庭，被以1962年度判决书定为“反革命罪”，判处有期徒刑二十年，随后转押到上海提篮桥监狱女监。次日，林昭刺破手指，用鲜血写了《判决后的申明》：
这是一个可耻的判决，但我骄傲地听取了它！
据1965年上海提篮桥监狱在所《林昭在服刑改造期间重新犯罪的主要罪行”中记载：
林犯关押几年来，一贯拒不接受教育，书写了大量的反动血书，如《灵耦絮语》（约十八万字）、《基督还在世上》、《不是练习──也是练习》、《练习二》、《练习三》、《鲜花开放在悲壮的五月》、《囚室哀志》、《秋声辞》、《自谏》、《血诗题衣》、《血衣题跋》等数十万字。虽经工作人员多方教育，并采取了单独关押、专人管教、家属规劝等一系列管教措施，但林犯死不悔改，公开扬言：永远不放弃宗旨而改变立场。
此外，林昭还写了大量日记和家信。
1966年5月6日，刚刑满释放仍在监督劳动期间的北大同学张元勋偷偷到上海，以“未婚夫”身份偕同林昭母亲到上海提篮桥监狱看望她。林昭对张说：
我随时都会被杀，相信历史总会有一天人们会说到今天的苦难！希望你把今天的苦难告诉未来的人们！并希望你把我的文稿、信件搜集整理成三个专集：诗歌集题名《自由颂》、散文集题名《过去的生活》、书信集题名《情书一束》。
1968年4月29日，林昭接到中国人民解放军上海市公检法军事管制委员会1967年度改判的死刑判决书，血书：
历史将宣告我无罪！
当天下午，林昭在上海龙华机场被秘密处决，年仅三十六岁。
两天后，5月1日，公安人员到林母许宪民家，索取五分钱子弹费。许宪民此后精神失常，1975年在上海外滩自杀死亡。
1979年1月，北京大学党委发出改正林昭错划右派的通知。1980年8月22日，上海市高级人民法院以精神病为由判决撤销以前的两次判决，宣告林昭无罪；1981年1月25日，上海高院复判撤销五个月前以精神病为由的判决书，再次宣告林昭无罪。1980年代，林昭的档案包括狱中血书一度公开，但不久又被封存。
2003年，独立制片人胡杰根据五年中寻访认识林昭的八十人的录影纪录及拍摄到的林昭狱中文稿，制作了纪录片《寻找林昭的灵魂》。2004年4月22日，苏南新闻专科学校与北大部分师生集资立碑，将林昭的骨灰安葬在苏州市木渎镇灵岩山的安息公墓。
2005年，国际笔会独立中文笔会特设“林昭纪念奖”，主要表彰三十五岁以下的后继者，以资纪念这位思想先驱和自由斗士。国际笔会狱中作家委员会正好成立于林昭被捕入狱的1960年，遗憾的是当时尚不知处于封闭的中国大陆的狱中作家案件；因此在纪念“因作家畅所欲言”五十周年的活动中，独立中文笔会狱中作家委员会将林昭作为每年一典型案例的中国第一案以警世。
参考资料：
陈伟斯，《林昭之死》，《民主与法制》1981年第3期。
刘发清，《一个不屈的英魂──忆林昭》，《随笔》1988年第1期。
彭令范，《我的姐姐林昭》，《今日名流》1999年第2期
许觉民编《林昭，不再被遗忘》，长江文艺出版社，2000年。
张元勋，《北大往事与林昭之死》，《今日名流》2000年第2期。
崔卫平，《用纪录片传唱英雄的故事――关于《寻找林昭的灵魂》》，《南风窗》2004年第3S期。
江菲，《寻找林昭》，《冰点》周刊2004年8月11日。
摩罗，《圣女林昭复活记》，《社会科学论坛》2005年第10期。
陈子明，《1957年“主动右派”的三种类型》，《民主中国》2007年4月12日。
赵锐，《祭坛上的圣女──林昭传》，秀威资讯科技出版社，2009年。
房文斋，《我为林昭拍了张照片》，《南方周末》2009年3月4日。
吴庸，《北京大学1957年的〈广场〉重印忆往》，《观察》2010年8月17日。
