长江航道一直被世界上公认为黄金航道，条件比欧洲的莱茵河、多瑙河好许多。1861年，一批外国冒险家乘帆船逆长江而上，行至奉节县而止，沿途搜集水流险滩和帆船航行资料，随后提出轮船入川应该具备的条件报告。1898年2月，英国人约翰·立德驾驶“利川号”轮船自宜昌出发，历时25天抵达重庆，首航成功，完成了川江有史以来第一次轮船航道的探索。1900年6月，立德又组织首艘载货商运轮船“肇通轮”上水试航（船长英人普兰田），历时九日抵达重庆。随着重庆开埠，川江航运进入了一个前所未有的繁荣发展时代。作家郑义的父亲郑璧成原是重庆航务处处长，主管川江航运。二十世纪三十年代与卢作孚一起创办了民生公司，不久就成为川江航运的主力，并将航线由四川省延伸至长江全线。1938年抗战爆发，卢作孚的船队利用川江航道将大批工厂设备转移到陪都重庆，被誉为“中国的敦刻尔克大撤退”，为抗日战争的胜利提供了物质基础[17]。
中华人民共和国成立之后，民族资本主义受到极大摧残，被国营企业所取代。加上经济发展的错误路线和文化大革命，长江航运发展缓慢。1969年湖北省和水利部革命委员会向中央提出在长江干流上建造第一座拦江大坝葛洲坝工程的报告。1970年11月周恩来主持的中共政治局会议原则批准该报告，当年12月24日毛泽东在其生日当天批准了葛洲坝工程。至1988年12月10日，葛洲坝工程完工。在葛洲坝工程施工过程中，上海或者武汉至重庆的长江航运在宜昌中断，货物要在宜昌依靠机械和人工翻坝换船，客运要在宜昌换船，长江航运几近中断，发展停滞。当葛洲坝工程船闸投入运行时，三峡大坝又开始建设，到2003年6月三峡船闸投入试运行，长江航运才再次开通。
在三峡工程上马之前，全国政协委员、原交通部副部长彭德一针见血地指出，改善长江航运根本不需要上三峡工程。长江联结着华东、华中和西南三大经济区，是中国的运输大动脉，年运货量占全国内河水运的百分之七十六，被世界上称为黄金水道[18]。长江航道的运输能力相当于十四条铁路。当年一条铁路的运输量是按每年三千五百万吨计算的，十四条铁路每年的运输量就是4.9亿吨（如今一条铁路的运输量按每年六千至七千万吨计算）。当年彭德反问道：“斩断了黄金水道还能再挖一条长江吗？”
原全国政协副主席、北京大学校长、中国科协主席周培源在二十世纪五十年代是毛泽东提出的三峡工程的最积极的支持者，并且担任当时三峡工程科学研究的负责人。二十世纪八、九十年代周培源却成为三峡工程反对派的领头人。对周培源观点改变有很大影响的是乘船通过葛洲坝一级船闸。当时周培源带全国政协代表团视察三峡地区。周培源先生问陪同视察的葛洲坝工程局的一位干部，通过船闸需要多少时间，得到的回答是“45分钟”。后来周培源上驾驶台问船长，船长回答说：“一般要四个小时。”因为通常要等船舶闸填满船闸后一起过。周培源等政协委员会坐的船，受到特别优待，不用等待，所以只要45分钟。周培源认为葛洲坝工程局的那位干部欺骗了他。
与葛洲坝工程的三线一级船闸不同，三峡工程建设两线五级船闸和一座升船机。三峡工程论证报告说，通过三峡五级船闸，只需要三个多小时。这是一个理论上的最优值，与告知周培源通过葛洲坝一级船闸只需要45分钟一样。2024年3月全国人大代表、长江水利委员会副总工程师黄艳在全国两会上说：“（三峡船闸）2011年其实就已经达到了双向一个亿的通过能力，所有的船一般都要等个七八天，其实这个时间就非常长了，扩能是势在必行的一件事情。”另一种说法是，目前三峡船闸已连续多年超负荷运行，船舶平均待闸时间超过了200小时（笔者注：200小时相当于8天多），周转效率下降、运营成本攀升、能源浪费。还有数据显示，2023年，船舶在三峡平均待闸时间达到12天[19]。通过三峡船闸，所有的船一般都要等个七、八天，甚至12天！当年李白乘船从奉节白帝城赴湖北沙市，“千里江陵一日还”。如今货船从奉节白帝城到三峡大坝下游的湖北省的宜昌或者沙市，必须在三峡船闸等七、八天至12天。能说建设三峡工程是为了改善长江航运吗？三峡工程对长江航运长江航运的最大危害就是限制了长江航运未来发展的潜力。
三峡大坝的建造质量不好，三峡工程质量检查组组长之一张光斗也承认。三峡工程中建造造质量最不好的要数三峡工程的两线五级船闸。三峡工程船闸由中国武警水电部队承建。为了建造船闸，必须连续开凿十八座山头，打通一条通航的河道出来，在花岗岩山体内开凿300米宽、175米深、长6442米的河道，工程十分艰巨。开挖过程中使用了2.2万吨炸药（天津大爆炸相当于使用了21吨炸药；投在广岛的原子弹的爆炸威力相当于1.5万吨炸药）！由于高边坡开挖，岩石的稳定及变形问题十分突出。专家对高边坡变形的要求是不能超过5毫米，但是船闸南北高边坡最大累计位移已经分别达到71.57毫米和53.90毫米。还有就是船闸的渗水问题，一度最大值达到每分钟6194升！2012年和2013年分别对南北线船闸提前进行大修。经过大修后南北线渗流量为每分钟756.72升和每分钟692.13升。虽然三峡船闸的渗水问题经过大修得到缓解，但是三峡船闸高边坡位移与渗水问题无法得到根本解决。
三峡大坝船闸投入使用后，部分货物依然依靠机械和人工翻坝换船，为此湖北省建立了茅坪、宜昌货物翻坝转运中心。同时轮船公司也将部分货船换为滚装船，便于翻坝转运。重庆和宜昌之间的客运，特别是三峡旅游船，多是往返于重庆的长寿（不是重庆的朝天门）与三峡大坝上游茅坪之间，然后用汽车往返于葛洲坝下游的宜昌之间，避免了通过船闸和葛洲坝船闸的等待和漫长的过闸时间。虽然三峡升船机投入运行之后，船只通过三峡大坝的时间只需要45分钟，但是能通过三峡升船机的船舶最大吨位为3500吨，而目前行驶于三峡库区的大型游轮都已经超过了3500吨，开不进升船机。目前三峡升船机的最大功能就是供旅客参观乘坐，让他们亲身参观和体会一下世界上最大升船机的滋味，体会厉害了中国的滋味。
2014年4月下旬，已故李克强总理到长江进行实地考察，研究依托黄金水道建设长江经济带，为中国经济持续发展提供重要支撑。几位负责人向李克强汇报了黄金水道面临着交通能力不足、网络结构不完善、综合交通枢纽落后等问题，严重限制了航运的进一步发展。李克强连叹“可惜”[20]。但是面对三峡工程这个所谓的水利枢纽的碍航问题，李克强也是束手无策。如今要建设三峡工程第二船闸，也与第一船闸建造质量不好还是有直接关系。
图7：2014年4月下旬李克强总理考察长江黄金水道，连叹“可惜”，左一为重庆市市委书记孙政才、右二为重庆市市长黄奇帆，图片来源：网路截屏
