七十年代末期以来，方励之从科学研究出发对于正统的马克思主义意识形态的批评主要集中在一下问题上： （1）宇宙学是不是一门科学； （2）宇宙模型、宇宙解是不是一种科学的概念和方法； （3）如何看待大爆炸宇宙学； （4）宇宙是无限的还是有限的； （5）时间和空间问题； （6）物质是不是无限可分和一分为二问题； （7）天体物理学中的“第一推动”问题； （8）理论物理研究中的“大统一理论”； （9）关于人择原理，科学的“灵魂不死”等问题。
