1999年7月19日，江泽民召开中共中央高层会议，以总书记的身份下达了开始镇压的命令。上万名武警荷枪实弹进入北京，周边军队进入一级战备状态。7月20日，江泽民下令进行了一场遍及全国范围的大逮捕，所有被认为是法轮功“骨干”的成员都被中共拘留或带走问话。江还在7月29日试图通过国际刑警组织引渡李先生回国，但遭到国际刑警组织的断然拒绝。

“610办公室”是个不折不扣的非法组织，其产生和存在都没有法律依据，和文革中的“中央文革小组”一样。“610办公室”的唯一目的就是绕过法律，绕过正常的经费和人员编制审批，调动全国的镇压和宣传机器迫害法轮功。这个非法组织的总头目其实就是江泽民，所有重大密令都是江泽民传达下去的。江怕留下证据，送去的密令从来不敢落款，但“610办公室”的人见到此类“白条”就会立刻执行。

1999年的5月8日，在北约和南斯拉夫交战期间，中国大使馆遭三枚导弹袭击，三名记者死亡。江曾在这个时候考虑的是一石二鸟的毒计，如果朱镕基在这个时候不出面，愤怒的人群自然会把炸馆之事和朱镕基的“消气外交”联系起来，把怒火发在朱镕基身上，让他继续去背黑锅。另一方面一定让胡锦涛出面，如果胡对美国的态度表现软弱，会使他在愤怒百姓心中的地位一落千丈；如果太强硬，必然会引发两国关系紧张，这都可能成为十六大不许胡锦涛接班的理由。

江泽民由于妒嫉失去了理智，一心要镇压法轮功，但是其他六名政治局常委都不同意，觉得没有依据。为了胁迫其他人同意，江泽民和曾庆红终于想了一个有效的办法，就是利用国家安全部来制造镇压的“依据”。于是国家安全部在美国的特工很快就送来了自己制作的假情报，说：法轮功创始人后面有美国中央情报局（CIA）的支持，CIA给法轮功提供了数千万美元的经费。这些“重大敌情”通过国家安全部传到了高层，其他政治局常委难辨真假。

在朱镕基国务院工作人员和法轮功代表会谈之际，上万名学员一直在外静静等候。到晚上八点多，会谈完毕，在得知天津方面已经释放被捕的法轮功学员后，中南海前的法轮功学员也很快散去，临行时，地上连一片碎纸都没有留下。 海外媒体一片赞誉之声，既赞赏法轮功学员的和平理性，也赞赏政府的开明，并称这是中共建政后官民第一次和平理性的对话，开中共历史之先河。事情如果这样落幕无疑是个皆大欢喜的局面，但是却有一个人暴跳如雷，这个人就是江泽民。

政治局七个常委，除了江泽民之外，其他人都明确表达了反对意见。朱镕基说：“法轮功的学员以中老年人居多，妇女居多，他们最大愿望无非就是健身而已。......说这些人有政治企图，讲不过去。另外，我们不能再用搞运动的方式解决思想问题，......至于普通炼功群众，就让他们练去吧！” 江泽民一下子站起来，指着朱镕基的鼻子喊道“糊涂！糊涂！糊涂！亡党亡国啊！......”

江泽民在第一时间打电话给北京卫戍区，询问如果法轮功深夜仍然不撤，驻京军队是否可以立即集结，并架走中南海附近的法轮功学员。接电话的人立刻表态：“北京军区时刻准备听从江主席的指挥。”江泽民十分满意，悬着的心也放下来一点，后来此人被江连升了好几级。

1998年下半年，以乔石为首的部份全国人大离退休老干部，根据大量群众来信反映公安非法对待法轮功炼功群众的问题，对法轮功进行了一段时间的详细调查、研究，得出“法轮功于国于民有百利而无一害”的结论，并于年底向江泽民为首的政治局提交了调查报告。

罗干发现公安部这些负责气功的人都很懂气功，很多人也炼。罗的镇压法轮功命令下去之后，相关的负责人不要说抓紧落实，反而连动都不动。罗干在1996年开始为此特意改组公安部，不但把编制改了，原来管气功和懂气功的人一律调走。朱镕基知道这件事情后把罗干叫去训了一顿，说他“放着大案要案不抓，却用最高级的特务手段对付老百姓”。

清华校友聚会时，张孟业在1998、 1999年两度到北京当面向胡锦涛介绍他的亲身经历，并给胡锦涛的夫人寄过法轮功的书籍，希望他们也能炼功改善身体，胡锦涛夫人曾回寄明信卡以表谢意。

一直深居简出的乔石知道江扮演的角色后十分气愤，他说：“国家利益至上，这是任何时候，任何情况下都不能忘记的。”万里、宋平等人甚至骂这些协议是新“二十一条”。江泽民一看形势不对，就耍了个滑头，用一句意味深长的话回应元老的指责——“将在外，君命有所不受。”把这一切责任轻轻巧巧地推到了朱镕基身上。

1998年5月13日至16日，印尼发生排华事件，印尼华人财产遭到大规模的抢劫破坏，两千多名华人被杀死，数百名华裔妇女被集体强奸凌辱，有些人甚至被奸杀。全世界对这种野蛮行径感到非常震惊和愤怒。而此时，江泽民竟然指示：印尼发生的暴行是印尼的内政，对此报刊不报导，政府不干涉。

1996年，江泽民去南方路过一著名寺院。在大殿上香后，江泽民便来到钟楼。不料方丈以善言百般相劝：“施主万不可在此撞钟。”江泽民大为不悦，毫不理会，撞响了古钟。老方丈当场半晌无语，只是默默垂泪不已。后来有人得知，老方丈曾言道，江泽民本蟾王转世，钟声一响，必定引发中原水族作怪，从此中原大水连年，再难平安。大家知道蛤蟆平生喜水忌土厌火，所以紫阳、乔石等必犯其忌。

库恩的书里说9月初，江泽民邀请“15位杰出电影艺术家到中南海做客”，大家唱起了一首很流行的歌曲《大海啊，故乡》。“由于几乎所有人都知道歌词，大家都唱了起来───尤其是江本人，更是引吭高歌。”在长江变成“汪洋大海”威胁着亿万人民的生命时，江泽民却高唱着“大海啊故乡”，一向讲究避讳的江泽民这时却又百无禁忌了，其心中何曾有一点关心人民疾苦的影子﹖

江泽民利用长江洪水，组织了自“抗美援朝”以来最大的一次军事行动，在长江流域进行了一次渡江战役以后的最大一次兵力调动，满意地检验了军队不顾险情只听命于自己“核心”地位的“政治觉悟”。通过这次调兵，江泽民真正地掌握了军权，完成了第二、第三代之间的权力交接，这正是“严防死守”背后的第二个真实目的。

外界一直难以理解江泽民为何拒不接受专家们的劝告，坚决不同意从荆江分洪。后来有人传出，江泽民当时相信了在中南海走红的一位易学先生透露的“要保龙脉”的“玄机”。江泽民相信如果从荆江分洪区分洪，主动决堤，就等于挖断了自己的“龙脉”。1998年是虎年，正是江上台近10年的第一个本命之年，江泽民更是不敢怠慢，于是决心严防死守，决不可主动开闸泄洪。

1998秋，杨尚昆得了感冒，住进了完全被江泽民和曾庆红控制的解放军总医院。杨尚昆住院不长时间，98年9月14日凌晨1时17分，在医院突然去世。俗话说，要想人不知，除非己莫为。杨尚昆去世不久，民间盛传，杨是被害死的。后来杨的家人要求中央调查杨尚昆的死因。

2001年7月，江泽民下令中共中央、国务院将特拨经济津贴分为三个档次(50万、30万、20万)，发放给党政军已故元老遗孀(共有322名)。8月中旬，于若木(陈云遗孀)、刘英(张闻天遗孀)、林月琴(罗荣桓遗孀)、李昭(胡耀邦遗孀)、王光美等五十多名元老遗孀，将她们所收到的特拨经济津贴，如数上缴给了中央直属机关党委。

十三军副军长崔国栋少将于1998年11月28日飞往西昌，向西昌军分区后勤部宋副部长索要2000万元。二人发生争吵，宋副部长手脚麻利，掏枪动作略胜一筹，军长崔国栋与警卫蒋国民应声倒地。此事惊动总参谋长傅全有、总政治部副主任王瑞林和军内纪律检查委员会书记周子玉疾飞西昌。

2002年6月2日晋升7位上将，当军队老干部从电视转播中看到江泽民单用一只手颁发命令状时，气愤地说：“江泽民连起码的规矩都不懂，也太不严肃了。”