和当年大多数知识份子一样，奥本海默对共产主义运动非常同情。美国联邦调查局在1941年开始对他进行暗地调查，甚至将他列入了"紧急拘捕名单"，也就是说，一旦国家发生紧急状态，就可以立刻逮捕奥本海默。但后来的调查结果显示，虽然他大力资助美国的共产主义运动和工人运动，但他本人并没有正式加入过这些组织，也和苏联人没有任何交往。奥本海默后来自己的解释是说，他赞成共产主义运动，但不喜欢听从谁的指令。共产主义组织中的纪律要求让他受不了，因此他决定不加入任何这一类的组织。
