清理阶级队伍，简称“清队”，是文革时期，主要于1968年-1969年间开展的一场大规模政治运动。

1967年11月27日，江青在北京工人座谈会上说：“在整党建党的过程中，在整个无产阶级文化大革命的过程中，都要逐渐地清理阶级队伍。”

1968年5月13日，姚文元把《北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验》文件呈交毛泽东，并在上交报告中写道：“此件总结了清理队伍中的一些政策性问题。”5月19日，毛泽东在此件上作出批示：“文元同志：建议此件批发全国。在我看过的同类材料中，此件是写得最好的。”

于是，1968年5月25日，中共中央、中央文革小组发出《转发毛主席关于〈北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验〉的批示的通知》，清队运动在全国范围内展开。

清队运动中，许多文革初期活跃的造反派领袖和成员开始遭到清算整肃，从批斗他人到被他人批斗，有些成员甚至遭到长期监禁。此外，知识分子、科研人员、文艺工作者等也都是重点被整肃的对象。还出现了如赵健民云南特务案等重大冤假错案。有学者认为，清理阶级队伍是文革开始以来政治运动的又一个高峰期，是冤假错案最多的时期，也是文革中死人最多的时期。中共官方后来承认运动制造了数以百万计的冤假错案，加上他们的亲属和有各种社会联系的人，全国被株连的人上亿。

清队运动期间，中国大陆科研教学机构遭到波及，其中“海归”人员被打成“间谍”或“特务”是普遍现象。

1968年7月3日，中国科学院革命委员会宣布全面开展清理阶级队伍工作，许多知识分子和干部被立案审查，遭到非法监禁、残酷折磨、刑讯逼供。依据中科院官方文献记载：当时，科学院京区职工总数9279人，被群众专政和隔离审查的881人，占9.5%；其中被定敌我性质的102人，占京区总人数的1.1%，为受审查人数的11.5%。到1968年底，京区7名院级干部都成为“打倒对象”；71名厅局级干部和192名处级干部中，分别有59名（83%）和99名（52%）被列为“打倒”或“重点审查”对象；副研究员以上高级研究人员180名中，被立案审查的107名（59%），其中83人工资被扣，每人每月仅发给相当于原工资6%的生活费。“文革”十年，科学院全院被抄家的达1909户，被迫害致死的229人。

与此同时，中国科学院上海分院各研究所在清队过程中有600多人被诬为特务，其中200多人被隔离审查，2人被打死，10人打成残废，4人自杀。

清华大学在清队中六千名教职员工中五分之一被审查，178人被定为“敌我矛盾”、12人自杀；湖南大学在清队中被迫害自杀死亡18人、长期挨斗折磨致死的6人；华东师范大学800多学生被定为敌我矛盾、60多人自杀；兰州大学被立案审查的达450人、23人被迫害致死。

1969年中苏两国处于核战争边缘，作为“两弹一星”核心基地的青海“221”核武器研究基地于1969年11月被军管，不久周恩来指派海军副司令、国防科委副主任赵启民以及公安部领导成员、原空军副军长赵登程前往清队。据统计，军管组对3200余人核弹基地的科学家、干部和普通人进行整肃，大搞刑讯逼供，一些核基地内的工作人员被认为是苏联的“特务”，导致108人自杀、致伤致残400余人，其中包括大量科学家，1970年运动高潮之际甚至“当众枪杀5人，其中三名科技人员”。另有统计，在青海核基地内，截止1971年9月有四千多名职工受到迫害和审查、310多人伤残、40多名职工自尽、5人遭到枪决。

学者丁抒估计，清队运动中有约三千万人遭到批斗迫害，死亡人数超50万。依据美国斯坦福大学教授安德鲁·G·魏昂德和加州大学欧文分校教授苏阳于2003年发表的学术论文中所引用数据，广东省农村地区在清队运动中有超3万人死亡，上海市1968年有超过5000人在运动中死亡。另据杨继绳《天地翻覆》一书的记载，至1968年底，安徽省在清队过程中清理出“坏人”超43万，在刑讯逼供中采用了几十种酷刑，被县以上专政机关关押188,225人，其中4,646人在关押期间被逼自杀、被打死1,433人。赵健民云南特务案导致云南省全省138万7千余人受到牵连，1万7千余人死亡，当时云南省的总人口为2300万人，受迫害的人数占全省总人口约百分之六。

在受到冲击的两千多个县当中，平均下来一个县有一百人左右因该活动而死亡。而有的县超过二百人死亡，譬如江西瑞金大屠杀导致江西省瑞金县300余人死亡、兴国县270余人死亡、于都县500余人死亡。再如上海川沙县有5,063人在这个活动中被揪斗，其中236人死亡；宝山县就有1,702人被揪斗，其中有334人死亡。在人口特别少的县，如中苏边境的黑龙江省爱辉县，有1,500多人因该活动而被关押，其中有65人死亡，属于较低比例。而吉林省延吉县相关的“深挖”活动中，桦田生产队被波及的110户人家，就有41人被揪斗致死致伤。