但是，由于美苏对中国政府的认同不一，在邀请国、共哪一方出席旧金山会议的问题上双方发生了争执：美国不承认中华人民共和国政府，主张由台湾蒋介石当局参加和会，这遭到了苏联政府的坚决反对。眼看旧金山会议有搁浅的危险，美国为了早日实现其扶日反共的目标，竟然置中国作为主要战胜国的权益于不顾，借口盟国对中国政府的认同有分歧而单方决定不邀请中国代表出席旧金山和会，主张中国应在会外与日本单独缔结和约。对于将由中国哪一方与日本缔约，美国强调“应由日本去决定”。
这种把中国排除在对日和约谈判之外并且给予日本选择缔约对象权利的做法，使中国在对日和约问题上失去了主动地位。中国海峡两岸对美国无视中国权益的做法均表示了强烈的反对。7月16日，蒋介石在台湾发表谈话指出：“中国被拒绝参加对日和约签字，乃破坏国际信义之举，政府决不容忍。”8月15日，周恩来外长代表“新中国”政府对此提出了抗议，指出将于9月4日在旧金山召开的对日和约会议，背弃了国际义务，中国不予承认。
然而，美国当局不顾中国方面的强烈抗议，一意孤行，于9月4日至8日召开了有52个国家出席的旧金山会议，并操纵会议通过了对日和约。
旧金山和约是很不公正的条约，它把对日作战的起始时间定为1941年12月7日，从而抹杀了中国人民自1931年9月18日起，特别是1937年7月7日至1941年12月7日这几年对日寇的单独抗击的历史。同时，和约在赔偿问题上极力宽大日本，只是泛泛地规定：“日本国对战争中造成的损害及痛苦，将向盟国支付赔偿。”对于具体数额根本没有提及，同时对战胜国的赔偿要求作了原则上的限制：即只能“利用日本人民在制造上、打捞上及对各盟国的贡献的其他服务上的技能与劳作，作为协定赔偿各国修复其所受损失的费用”，而且必须在“日本可以维持生存的经济范围内进行”。这种重重限制的赔偿规定就是以日本人的劳务充作赔偿，实际上是变相减免日本的战争赔偿，与1945年盟国赔偿委员会作出的加重赔偿的原则是相抵触的，因而遭到了亚洲、欧洲正义国家的反对。除了中国、朝鲜、越南未被邀请赴会外，缅甸和印度拒绝出席会议，而出席会议的苏联、捷克斯洛伐克和波兰会后拒绝签字。这样，由于中、印、苏等国的抵制，当时世界上有一半的人口是不承认旧金山和约的。
9月18日，周恩来外长代表“新中国”政府严厉谴责了旧金山和约，指斥它是“一个复活日本军国主义，敌视中苏，威胁亚洲，准备新的侵略战争的条约”。同时声明，“旧金山和约由于没有中华人民共和国参加准备、拟制和签订，中央人民政府认为是非法的、无效的，因而是绝对不能承认的”。
然而，与“新中国”政府捍卫民族权益的严正态度相反，退踞台湾的国民党当局为争得与日本缔约的所谓“正统地位”，转而承认旧金山和约，追随美国的意愿走上了与日本单独缔约的道路。1951年9月12日，台湾当局“外长”叶公超发表声明表示：台湾当局愿以旧金山和约为蓝本与日本签订双边和约。
三、日本利用旧金山和约玩弄花招，美国推波助澜，台北为争正统放弃赔偿
1951年9月8日签订的旧金山和约，极大地改善了日本战后所处的不利地位，因而11月26日，日本国会便非常痛快地批准了这个和约。与旧金山和约同样给日本带来好处的，即日本对于中日双边和约缔结对象的选择权。日本当时的首相吉田茂很兴奋地宣布：“日本现在有选择媾和对手之权，对于如何行使此权，应考虑客观环境，考虑中国情形以及其与日本将来之关系，不拟轻予决定。”言下之意即日本一定要充分利用这一权利谋取最大的益处。事后证明，吉田政府的确在这个问题上绞尽脑汁，大做文章，极尽阴险、奸诈之能事。
为了等待时机，日本政府在与中国缔和问题上采取了拖延的对策，但为了防止盟国指责它蓄意拖延，吉田政府煞费苦心地搞了一个民意测验，让日本国民就同北京还是台北缔结和约表态，但得出的结果却令人哭笑不得：支持与台北或北京缔约的比例一模一样，均为38％，而余下的24％则是无所谓的。这样，吉田政府便以民意难辨，难以作出决断为由，理直气壮地拒不表态，静观事态的发展。而私下里针对台湾急于与之缔约的心理，不时散布一些可能与北京缔和的言论。
1951年10月25日，蒋介石派驻日本代表董显光拜会日本内阁官房长官冈崎胜男，询问有关缔约的事宜。冈崎不慌不忙地答道：“我国现在若与贵国订立双边和约，势将引起大陆中国国民对我之仇视，因此，我们现在的政策是要慢慢等待时机，以待日本实现独立自主后，研究何时同中国签订和约或选择中国的哪一方问题。我国历来尊重中华民国政府，遗憾的是，中华民国政府的领土只限于台湾。”言下之意似乎是并不准备与台湾方面缔约。
五天以后，吉田在日本参议院的演讲更让台湾心惊。吉田公开表示：“如果中共在今后三年内提议根据旧金山和约与日本讨论缔结和约，日本政府自然愿意谈判并缔约，丝毫不会提出反对。”事后吉田还在会见董显光时表示：“日本不能忽视大陆上四亿五千万中国人的感情。”
日本政要的一系列言论，使台湾当局如坐针毡，台湾当局为了保住所谓的正统地位，一方面连续电令驻美大使顾维钧策动美国对日施加压力，一方面又在草拟的对日和约当中广作让步，特别是在日本方面尤为敏感的赔偿问题上更为明显。如草案中规定：台湾当局“承认日本国如欲维持足以生存之经济，则其资源目前不足以完全赔偿所有此类损失及灾难，同时并承担其他义务”，因此，只要求“利用日本国民为中华民国从事生产打捞及其他工作，以作为补偿。除此以外，中华民国放弃一切赔偿要求，放弃该国及其国民因日本国及日本国民在作战过程中所采取任何行动而产生之其他要求”。这个草案已初步放弃了日本赔偿，仅仅保留了一部分劳务补偿内容。
与此同时，台湾当局又处处小心谨慎，生怕惹恼了日本，丧失了缔约的机会。有个小插曲充分表现了这一点，即当驻美大使顾维钧遵命与美方交涉后，美国合众社发了一个消息，内称顾大使对日本拖延双边和约表示不快。台湾“外交部”闻讯大惊失色，立即查询此事，并发表否认声明，指称电讯报道有误等等，由此可见台湾诚惶诚恐到了何种程度。
由于美国当时出于反共目的，在亚洲奉行的是扶日而不弃蒋的政策，因此，在台湾力争与日本签约的问题上给予了大力支持。1951年11月5日，美国白宫表示：“坚决反对日本与中共拉拢关系之任何企图。”此后又于12月10日，派旧金山和约的主要策划人之一，负责对日缔约的杜勒斯作为特使赴日，以促成日蒋和约而对吉田政府施加压力。杜勒斯直截了当地要求日本与台湾缔约，并威胁道：“如果日本政府不同中华民国签订和约，美国国会就不批准旧金山条约。”
在美国的强硬干预及台湾方面作出了重大让步的情况下，日本政府才“不情愿”地改变了态度。12月24日，吉田表示不承认共产党中国，愿与台湾缔结和约。1952年1月30日，日本委任河田烈为中日和谈首席全权代表赴台，与国民党当局“外长”叶公超进行双边谈判。
1952年2月20日谈判正式开始，至4月28日和约签字，前后进行了正式会谈3次、非正式会谈18次，历时67天。谈判期间，日本方面又一次暴露了其阴险、狡猾的面目。
战争赔偿问题是和约的重要内容，因而在这个问题上争论十分激烈。根据台湾当局起草的和约草案，在赔偿问题上只要求日本对中国提供劳务补偿，其他赔偿已经放弃，这是台湾当局作出的重大让步，而且与旧金山和约的原则一致。但日本对此却坚决反对，蛮不讲理地坚持台湾可以根据旧金山和约没收日本在华财产和资产作为补偿，不应再提劳务补偿的要求。由于双方观点相差悬殊，谈判多次陷入僵局。不仅如此，日本仿佛把战败国的身份忘在了脑后，竟多次提出自己起草的和约草案，气焰嚣张至极。
而台湾方面在谈判初期自恃有美国撑腰，认为只要美国以不批准旧金山和约相威胁，便不难最终迫使日本就范，因而在谈判中据理力争，态度甚为坚决。对台湾当局草案只作细节修改，重大原则毫不让步。谁知至3月下旬，风云突变，美国先于3月20日，操纵国会以66票对10票批准了旧金山和约，后于4月16日宣布旧金山和约将于4月28日生效。美国的行径对台湾当局来说不啻于背后一刀。因为美国国会承认旧金山和约，使台湾在对日谈判中失掉了最有力的王牌；同时，美国限定了和约生效时间等于给了日本有力支持。因为一旦和约正式生效，日本解脱了战败国的束缚，恢复了主权，在对华缔约问题上将更为主动，这对台湾来讲极为不利。
在这种形势逆转的情势下，台湾当局为了赶在旧金山和约生效前与日本达成和约，被迫在赔偿问题上作出全面让步，于3月25日决定放弃全部赔偿。仅在条约草案中列入下述文字：“日本承认其赔偿之义务，我方亦承认日本无力作出全部赔偿，为此……我方宣布放弃以劳务进行赔偿之要求。”
然而，得了势的日本变本加厉，居然抓住台湾方面急于签约的心理，对上述行文也不接受，坚持在和约中取消有关赔偿问题的条款，否则采取拖延的方法，拒不谈判。台湾当局无可奈何，于4月12日答应了日本的要求。但是，蒋日和约的最后签字直到4月28日下午3时才告完成，此时距旧金山和约生效仅仅还剩7个小时。
因此，在蒋日和约的正文中通篇找不到“赔偿”二字，其相关内容仅是在和约以外的议定书中加以确认的。
议定书第一条乙项原文为：
“为对日本人民表示宽大与友好之意起见，中华民国自动放弃根据旧金山和约第十四条甲项第一款日本国所应供应之服务之利益。”
另一处相关内容是在和约正文附录的记录中，原文是：
日本国全权代表：
“本人了解：中华民国既已如本约议定书第一项乙款所述自动放弃服务补偿，……是否如此？”
“中华民国”全权代表：
“然，即系如此。”
蒋日和约的缔结，引起了“新中国”人民的强烈抗议，1952年5月5日，即和约签字一周后，周恩来总理代表中华人民共和国政府严正声明：“对于美国所宣布生效的非法的单独对日和约，是绝对不能承认的；对于公开侮辱并敌视中国人民的吉田蒋介石和约，是坚决反对的。”并且指责蒋介石所谓放弃赔偿要求的允诺是“慷他人之慨”，中国政府和人民绝对不予承认。
