大陆最新一期《南风窗》周刊载文指出，如果马英九主政台湾，大陆如何从理论上阐明马英九的「人民决定论」与台独的区别，如何从法理上批驳马英九两岸关系主张中内存的「台独可能选项」，对大陆的理论工作者和从事对台工作的实务人员来说，仍是一项艰钜的任务。对此，北京联合大学台湾研究院院长徐博东表示，马英九接受「九二共识」，只要在这个基础上坐上谈判桌，所有问题未来都可以透过谈判处理。

这篇题为《如何应对马英九「新中间路线」》的文章指出，从接任国民党主席开始，马英九渐次系统地论述他的两岸关系主张。据指出，马英九一开始提出「终极统一论」，遭致批评后又提出「台独选项论」，但在「台独选项论」再度遭致批评后，马英九虽然提出解释，但「终极统一论」终究不再提起，改以「维持现状」取代。此后，马英九断断续续又对两岸关系提出一些新的主张和论述，所谓的「新中间主义」路线渐趋清晰。

据指出，马英九的「新中间主义」包含几个要点。首先，其出发点在于认同「台湾意识」，坚持「台湾优先」。其次，其着力点在于稳定政局，全力以赴发展经济。第三，其要义是建构两岸和平新机制，台湾不做麻烦制造者，大陆能放弃敌对心态。

但该文指出，马英九「新中间主义」的要害是隐藏著「人民决定论」的影子。据称，马英九主张的「台湾的未来应该由人民决定」，与民进党「台湾前途决议文」中的相关论述，已经所差无几。

事实上，二日在出任国民党总统选举候选人之际，马英九强调，国民党的立场并不赞成台独，也不会选择台独选项，大多数台湾民众都认为要维持现状、拚经济。这里面，马英九不再提起「终极统一」，也规避了台湾民意走向独立之后的国民党可能立场问题，即「人民决定论」的问题。

文章说，与台独主张相比，「新中间主义」毕竟是一种历史的进步，但大陆将有一系列问题必须面对。例如两岸和平协议的签订问题大陆如何应对？如果答应的话，两岸各以什么身分与主体？承认对等地位是否意味著对台湾法理地位的认同？如果拒绝，又以什么理由说服台湾人民？

此外，马英九一再强调大陆应该给予台湾一定的国际生存空间，但问题是怎么给予什么样的生存空间？再者，马英九反对「一国两制」，而他强调的欧盟模式又内在地隐含了对等实体的命题。凡此种种，都将使大陆对台工作的理论和实务上遭遇难题。

文章呼吁，大陆应该创新对台工作的理论指引，因为大陆一直讲「寄希望于台湾人民」，但台湾在「主体意识」强化之后，民意已经离北京的预期越来越远，而随著马英九「新中间主义」大行其道，主张维持现状的台湾民众可能会越来越多。

对此，北京联合大学台湾研究院院长徐博东表示，马英九如果主政台湾，和民进党的一个根本性差异是马英九接受「一个中国」、「九二共识」，两岸因此可以在这个基础上坐上谈判桌。他强调说，两岸之间的任何问题都没有这个问题重要。

但对于马英九两岸政策态度中隐藏的「人民决定论」，徐博东表示，如果马英九表达出这种立场，那就偏离了他主张的「一个中国」。徐博东表示，大陆主张由「两岸人民」来决定，而不是「台湾人民」，这种立场美国总统布希也是认同的，他说，马英九应该认清这个事实。